1998年金融風暴對香港社會(包括娛樂界)造成嚴重打擊,自己為求事業有突破,參與由王晶監製的《赤裸凌遲》作性感演出。但由於當年翻版加上影片被批評為太血腥關係,票房未有預期中理想,但為甄楚倩增加相當多登台機會搵真銀。直到2000年,傳出未婚懷孕,並於2001年誕下一名兒子,自此暫別娛樂圈。暫別娛樂圈的最後音樂作品為迪士尼卡通The Lion King《獅子王》主題曲Circle of life中文版《旋轉的世界》, 甄楚倩的版本受到中外樂迷讚賞, 在Youtube有近十萬人次看過這影片。
2007年是入行第20個年頭,歌迷都紛紛撰文及建立網站來懷念她。有歌迷更把她的舊作重新取樣(sampling),加入楊千嬅的讀白成為新版《笑一笑》——2007年網上最受歡迎合唱歌之一。2008年1月香港電台深夜節目《輕談淺唱不夜天》人氣 DJ Fion更加用了《深夜港灣》及原裝日文版《秋櫻》(山口百惠原唱)作為宣傳聲帶。